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Saugetier-Transkriptom-Komplexitat Charakterisieren
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In meiner Doktorarbeit beschrieb ich eine groß angelegte RT-PCR- und Klonierungspipeline, die ich entwickelt habe, um mehrere tausend cDNA-Klone von Säugetieren (hauptsächlich Menschen und Mäuse) in voller Länge für die NHGRI/NCI-Sammlung von Säugetiergenen zu erhalten. Zu diesem Zeitpunkt waren die Schichten der Säugetiertranskriptom-Komplexität noch nicht vollständig konzipiert. In diesem Projekt beschäftigte ich mich intensiv mit strategischen und konzeptuellen Fragen der Charakterisierung der Transkriptomkomplexität auf verschiedenen Ebenen. Mit Hilfe der RT-PCR-Pipeline in Kombination mit Genvorhersage-Algorithmen, die vergleichende genomische Informationen nutzen, gelang es uns, neue Säugetiergene wie Homologe menschlicher Krankheitsgene in voller Länge aus Ratten zu identifizieren und experimentell zu verifizieren. Darüber hinaus untersuchte ich die Transkriptomkomplexität einschließlich SNPs und alternatives Spleißen in Leukämieproben mittels quantitativer PCR, und wir entwickelten eine Spurenanalyse-Technologie zur Identifizierung mehrerer alternativ gespleißter Transkripte in einer einzigen Sequenzierungsreaktion. Meine Ergebnisse legten nahe, dass alternativ gespleißte Transkripte eine krebstypspezifische Auf- oder Abwärtsregulation zeigen, und das Verhältnis der alternativ gespleißten Isoformen könnte dem Krebsmechanismus zugrunde liegen.
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